Spalanie biomasy, mimo że teoretycznie nieszkodliwe dla środowiska, ma również swoje wady.
- Wspomniane w poprzednich postach problemy z dostępem do biomasy. Elektrownie zmuszone przepisami sprowadzają biomasę z innych krajów. Cała korzyść dla środowiska zostaje zaprzepaszczona podczas transportu biomasy – transportu, który przebiega w sposób odległy od ekologii i obojętnego wpływu na środowisko.
- Spalanie biomasy, tak jak spalanie innych paliw, powoduje wydzielanie tlenków azotu, które są znacznie bardziej szkodliwe niż dwutlenek węgla czy tlenki siarki.
- Biomasa nie jest wolna od szkodliwych substancji czy pestycydów. W wyniku ich spalania powstają związki o działaniu toksycznym i rakotwórczym.
- Istnieje ryzyko powstawania roślinnych monokultur, nastawionych na produkcję biomasy, co spowoduje szybkie wyjałowienie gleby oraz wyraźne zmniejszenie plonów.